Der Vorstand des BEE umfasst das Präsidium und maximal elf weitere Mitglieder. Er ist dafür verantwortlich, die Beschlüsse der Mitgliederversammlung umzusetzen. Der gesamte Vorstand wird für die Dauer von drei Jahren gewählt.
Das Präsidium besteht aus dem Präsidenten und fünf gleichberechtigten Vizepräsidenten. Es bereitet die Sitzungen des Vorstandes sowie die Budgetplanung des BEE vor.