Das Präsidium wurde aus der Mitte des Vorstands gewählt und besteht aus der Präsidentin und den sechs Vizepräsidenten. Es bereitet unter anderem die Sitzungen des Vorstands sowie die Budgetplanung des BEE vor.
Der Vorstand des BEE besteht aktuell aus 24 Mitgliedern, inklusive der Präsidentin und der sechs Vizepräsidenten. Er ist unter anderem dafür verantwortlich, die Beschlüsse der Delegiertenversammlung umzusetzen und über die wesentlichen Angelegenheiten des Verbands zu entscheiden. Der gesamte Vorstand wird für die Dauer von drei Jahren gewählt.
In der Geschäftsstelle laufen die Aktivitäten des Verbands in Berlin zusammen. Sie fungiert als Anlaufstelle für Mitglieder, Entscheider, Journalisten und Experten. Von hier aus koordiniert der BEE den täglichen Einsatz für Erneuerbare Energie und setzt die Beschlüsse des Vorstands um.
Der Betriebsrat vertritt die Interessen der Beschäftigten gegenüber der Geschäftsführung und entscheidet in wichtigen Fragen mit — insbesondere in personellen und sozialen Angelegenheiten.